Tugas Pokok dan Fungsi RSUD panglima Sebaya dibentuk Berdasarkan Undang – Undang R.I Nomor 44 Tahun 2009 Tentang Rumah Sakit. Rumah sakit mempunyai tugas memberikan pelayanan kesehatan perorangan secara paripurna.

Untuk menjalankan tugas sebagaimana dimaksud dalm Pasal 44, Rumah Sakit mempunyai fungsi:

1. Penyelenggaraan pelayanan pengobatan dan pemulihan kesehatan sesuai dengan standar pelayanan rumah sakit;
2. Pemeliharaan dan peningkatan kesehatan perorangan melalui pelayanan kesehatan yang paripurna tingkat kedua dan ketiga sesuai kebutuhan medis;
3. Penyelenggaraan pendidikan dan pelatihan sumber daya manusia dalam rangka peningkatan kemampuan dalam pemberian pelayanan kesehatan; dan
4. Penyelenggaraan penelitian dan pengembangan serta penapisan teknologi bidang kesehatan dalam rangka peningkatan pelayanan kesehatan dengan memperhatikan etika ilmu pengetahuan bidang kesehatan;

Berdasarkan Peraturan Daerah Kabupaten Paser Nomor 22 Tahun 2008 tentang : Organisasi dan Tata Kerja Inspektorat, Badan Perencanaan Pembangunan Daerah dan Lembaga Teknis Daerah Kabupaten Paser:

Rumah Sakit Umum Daerah Panglima Sebaya mempunyai tugas melaksanakan urusan – urusan pemerintahan daerah di bidang pelayanan kesehatan perorangan dan rujukan.

Untuk melaksanakan tugas sebagaimana dimaksud pada pasal 44 Rumah Sakit Umum Daerah Panlima Sebaya menyelenggarakan fungsi:

1. Penyusunan perencanaan program di bidang pelyanan kesehatan,
2. Pelaksanaan pelayanan kesehatan yang meliputi pengobatan, pemulihan, peningkatan kesehatan dan pencegahan penyakit yang dilaksanakan melalui rawat inap, rawat jalan, rawat darurat dan tindakan medik lainnya sesuai dengan norma, standar, prosedur dan criteria yang ditetapkan pemerintah;
3. Pelaksanaan rujukan kesehatan;
4. Pelaksanaan pendidikan dan pelatihan tenaga kesehatan;
5. Pelaksanaan tugas lain yang diberikan oleh Bupati sesuai dengan tugas dan fungsinya;
6. Pelaksanaan kegiatan ketatausahaan.

Berdasarkan Peraturan Daerah Nomor 2 Tahun 2002 tentang Struktur Organisasi dan Tata Kerja Lembaga Teknis Daerah Kabupaten Paser.